美吉生物医学产品技术服务手册

单细胞空间组学·蛋白代谢组学·转录调控组学·微生物组学·基因组学·多组学联合研究

上海美吉生物医药科技有限公司（以下简称：美吉生物）成立于2009年，总部坐落于上海国际医学园区。实验办公面积约14600㎡，是一家集科研、服务、市场于一体的综合性生物科技企业。

美吉生物是国家专精特新＂小巨人”企业，自有NovaSeqXPlus、DNBSEQ-T7、NextSeq 2000、PacBio Sequel lIl e、10x Genomics Chromium Controller& Chromium X、M20 Genomics、DNBelab C4、Pannoramic MIDl、Xenium、Orbitrap Astral、Orbitrap Exploris 480、timsTOF HT、timsTOFUItra2、SCIEXQTRAP 7500+ Orbitrap Exploris GC、AFAI-MSI等全面高端的组学仪器，获得CNAS、ISO9001、ISO14001、ISO45001、AAA等重量级资质认证，拥有自主知识产权253项，获批各类专利66项，承担各级科研项目20余项。

美吉生物深耕科研服务16年，专业提供单细胞组学、空间组学、微生物组学、基因组学、转录调控组学、蛋白组学、代谢组学等多组学技术服务，自主开发美吉生物云平台，通过整合基因测序大数据、生物信息算法、互联网交互技术，为广大科研工作者提供一站式组学无忧解决方案服务。目前已与9000余家单位建立了合作，涵盖国内各大知名高校、科研院所、医疗机构以及海外机构等，建立美吉技术高地。服务用户 150000+ ，年样本量 1500000+ ，可提供系统精准检测服务，满足用户的多样化需求。

美吉生物的一站式组学无忧解决方案，定位于组学科研全场景，为科研人提供无忧做好科研的必备技能和科研工具，极大加速了科研进程和成果产出。合作成果在Nature、Cell等专业学术期刊发表。2024年，美吉发表文章数已高达4299篇，影响因子已高达31564.3分，平均文章影响因子7分。其中，10分以上的文章898篇，8分以上的文章1667篇。

无忧做组学，选美吉生物！我们期待与您一起创造更多的研究成果！

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美吉生物仪器平台

美吉生物一站式组学无忧解决方案成果

美吉生物一站式组学无忧解决方案，为合作伙伴提供组学科研全场景、全要素、一站式服务，加速科研成果产出有保障。

目录

CONTENTS

单细胞空间组学研究

单细胞（核）转录组 02
单细胞免疫组库 06
FF/FFPE空间转录组 10
高分辨率 10x Visium HD 14
高分辨率Stereo-seq 18
空间原位10xXenium 23
单细胞ATAC 27
单细胞mRNA+ATAC 28
单细胞全转录组 32
微生物单细胞转录组 34

|蛋白与代谢组学研究

蛋白质定性研究 40
蛋白质定量研究 41
修饰蛋白质组学 49
非靶向代谢组学 52
肠菌代谢组学 53
中药代谢组学. 54
脂质组学 55
挥发性代谢组学 56
靶向代谢组学 57
空间代谢组学 58

转录与调控组学研究

mRNA测序 65
miRNA测序 67
IncRNA测序 69
circRNA测序 71
全转录组测序 73
互作转录组测序 75
全长转录组测序 77
m6A测序 79
ATAC测序 81

基因组学研究

全外显子组测序与全基因组测序 112
肿瘤基因组研究 114
遗传病基因组研究 117

微生物组学研究

二代/三代微生物多样性测序 86
5R16S微生物多样性测序 88
16S微生物多样性绝对定量测序 90
二代宏基因组测序 93
宏基因组Binning/MAG分析 94
宏基因组耐药基因分析 97
ONT三代宏基因组测序 98
宏转录组测序 99
宏病毒组测序 10C
细菌基因组测序 101
真菌基因组测序 104
原核链特异性转录组测序 106

多组学整合和定制化分析-122

附录-132

PARTART单细胞空间组学研究

单细胞(核)转录组

单细胞免疫组库

FF/FFPE空间转录组

高分辨率10xVisiumHD

单细胞ATAC

单细胞mRNA+ATAC

单细胞全转录组

微生物单细胞转录组

高分辨率Stereo-seq

空间原位10xXenium

单细胞(核)转录组

单细胞转录组测序（scRNA-seq），是指在单细胞水平上对RNA进行高通量测序和分析的新技术。不同于常规组织或细胞群测序得到的结果，单细胞测序能够表征单个细胞的表达谱，避免单个细胞的异质性生物学信息被大量细胞的均质化掩盖。

■技术流程

■技术优势

实验无忧： 300+ 种组织类型、超万例样本的项目经验；

服务无忧：专项群和专属团队支持，制定专属研究方案；

分析无忧：53项云平台标准分析 +20 余项个性化分析任选，深度挖掘数据高价值；

交付无忧：四大组学解决方案任选，匹配不同分析需求；

一流平台：10xChromium+XPlus/T7,DNBelabC+T7等多平台服务，支持市面新锐和成熟单细胞研究。

■送样要求

结果展示

合作伙伴案例解析

■案例一：单细胞核转录组测序揭示驱动肥胖与代谢失衡关键因子 英文题目：PDIA3 defines a novel subset of adipose macrophages to exacerbate the developmentof obesity and metabolicdisorders

IF:27.7 发表时间：2024.9 技术手段：单细胞核转录组、bulk RNA-seq研究方向：肥胖治疗、代谢紊乱 DOl:10.1016/j.cmet.2024.08.009

肥胖是一种慢性低度炎症状态，这种炎症与身体内脂肪组织的微环境有关，表现为脂肪组织和其他代谢器官中免疫细胞的浸润和失调。以往的研究确定了脂肪组织中由营养过剩引起的代谢性炎症是胰岛素抵抗和2型糖尿病（T2D）的关键驱动因素，然而当前的治疗方案旨在缓解与肥胖相关的代谢性疾病的症状，无法纠正潜在的免疫病理失调。因此，阐明参与肥胖发展过程中的免疫机制对于建立有效的辅助治疗方法至关重要。

实验设计

研究结果展示

研究通过单细胞核转录组测序揭示了肥胖个体中一类新的脂肪巨噬细胞亚群iMAMs，并探索其在肥胖中的作用及相关机制。PDIA3作为这一亚群的关键效应分子，通过调控RhoA活性来维持巨噬细胞的促炎性和迁移特性，PDIA3通过调控RhoA-YAP信号通路来影响巨噬细胞功能。这些结果表明PDIA3是反映肥胖代谢性炎症程度的可靠标志物，靶向抑制PDIA3有望成为治疗肥胖和相关代谢紊乱的新靶点。

参考文献

Luo JH, Wang FX, Zhao JW, et al.PDIA3 defines a novel subset of adipose macrophages to exacerbate the development of obesity and metabolic disorders. Cell Metab. Published online September 16, 2024.

案例二：黑磷纳米药物靶向巨噬细胞治疗动脉粥样硬化

英文题目: Resolvin D1 delivery to lesional macrophages using antioxidative black phosphorus nanosheetsforatherosclerosistreatment

IF:38.1 发表时间：2024.06 技术手段：单细胞转录组研究方向：动脉粥样硬化治疗 DOl:10.1016/j.cmet.2024.08.009

动脉粥样硬化(AS)是一种脂质驱动的动脉壁慢性炎症疾病，其持续炎症诱导的斑块聚集与破裂是引发心肌梗死或中风等心血管死亡事件的首要因素。针对AS的载药纳米系统，目前仍面临在斑块病变部位蓄积低、合成途径复杂和潜在毒性等诸多挑战，因此迫切需要合成一种生物相容性良好的纳米材料，其不仅具有抗氧化和抗炎的功能，而且还能将药物递送至AS斑块疾病部位内巨噬细胞。

实验设计

研究结果展示

研究展示了BPNSs在生物医学中的潜力和优越性，揭示了其在治疗动脉粥样硬化及其他炎症性疾病中的广阔应用前景。此外，单细胞水平的转录组学分析深入探索了BPNSs@PEG-S2P/R治疗的分子机制，为未来开发定制化治疗策略提供了理论基础。本研究为纳米技术在治疗复杂疾病中的应用开辟了新的途径，强调了综合利用纳米材料的多功能性和精准递送能力对提高治疗效果的重要性，为未来定制化医疗的发展奠定了坚实基础。

参考文献

He Z, Chen W, Hu K, et. Resolvin D1 delivery to lesional macrophages using antioxidative black phosphorus nanosheets for atherosclerosis treatment. Nat Nanotechnol. 2024 Jun 19. doi: 10.1038/s41565-024-01687-1.

单细胞免疫组库

免疫组库(immune repertoire,IR)是指在某一时间,生物个体的免疫系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。传统的免疫组库研究技术往往只能检测TCR和BCR一条链的序列信息，而单细胞免疫组库测序(5'单细胞转录组 ^+ 单细胞TCR/BCR测序)可以同时获取TCRα链和β链/BCR的重链和轻链以及同一个细胞内的表达信息。

■技术流程

■技术优势

高性价比：同时获得单细胞TCR&BCR&基因表达信息，单个细胞成本大大降低；

服务无忧：专项群和专属团队支持，制定专属研究方案；

分析无忧：73项云平台标准分析 +20 余项个性化分析任选，深度挖掘数据高价值；

交付无忧：四大解决方案任选，匹配不同分析需求；

一流平台：10xChromium+XPlus/T7,DNBelabC+T7等多平台服务，支持市面新锐和成熟单细胞免疫组库研究。

■送样要求

IV(D)J结果展示

案例解析

案例三：个性化RNA新型抗原疫苗刺激胰腺癌T细胞

英文题目：Personalized RNA neoantigen vaccines stimulate T cells in pancreatic cancer

期刊：NatureIF：50.5 发表时间：2023.05 项目：：scRNA-seq+scTCR-seq+bulk TCR-seq研究方向：肿瘤新抗原疫苗DOl：10.1038/s41586-023-06063-y

PDAC(胰腺癌)是全球癌症死亡的第七大原因之一，且伴随看不良的预后效果。由于大多数PDAC都含有具有刺激T细胞潜力的新抗原，传递新抗原的策略可能会诱导新抗原特异性T细胞并影响患者的预后。

■实验设计

研究结果展示

在这项I期临床试验中，研究者在PDAC患者中应用了一种基于PDAC中的肿瘤新抗原合成的mRNA脂质体纳米颗粒个体化新抗原疫苗cevumeran。该疫苗在治疗胰腺癌的I期临床研究中，表现出良好的安全性和出色的疗效， 50% 的患者对疫苗治疗产生应答且mRNA疫苗与化疗、免疫治疗的序贯联用，使胰腺癌的复发和患者死亡风险较未实现应答者下降了 92%

参考文献

RojasLA,etha,oaresC,etal.ersonalized Aneoantigenvaccinesstimulatecellnpancreaticcan Nature.2023;618(7963):144-150.

■案例四：单细胞组学揭示年龄对衰老过程中外周血免疫细胞的影响

英文题目：Single-cell atlas of healthy human blood unveils age-related loss of NKG20 +6 ZMB-CD8+ memory T cells and accumulation of type 2 memory T cells期刊：Immunity IF:25.5 发表时间：2023.11 研究方向：免疫衰老项目：scRNA-seq&scTCR-seq&scBCR-seq DOl:10.1016/j.immuni.2023.10.013

人类免疫系统在衰老过程中会发生显著变化，即使在没有疾病的情况下也是如此。了解与年龄相关的人类外周血单核细胞(PBMC)变化一直是人类衰老研究的前沿。人类血液的各个方面都会随着年龄发生变化，通常通过基于细胞测量的方法来观察。

■实验设计

研究结果展示

研究通过scTCR/scBCR/scRNA-seq以及流式验证，在166个健康人的317个PBMC样本中揭示多个免疫亚群随年龄变化，包括增加的2型记忆性CD4+和CD8+T细胞，增加的HLA-DR+CD4+T细胞和G :2M K+C D8+T 细胞，以及降低的NKG2C+GZMB-XCL1+CD8+T细胞。这项工作为健康人类衰老提供了新的见解，并建立了一个全面注释的资源。

参考文献

Terekhova M, Swain A, Bohacova P, et al. Single-cell atlas of healthy human blood unveils age-related loss of NKG2C+GZMB-CD8+ memoryTcells and accumulation of type 2 memory Tcells [published correction appears in Immunity. 2024 Jan 9;57(1):188-192]. Immunity.

FF/FFPE空间转录组

Visium空间转录组是一种组织内全转录组基因表达的原位检测技术，在检测基因表达水平的同时，获得基因在组织内部空间表达的位置信息。相比传统转录组或单细胞转录组，空间转录组保留了组织内细胞和基因表达的空间分布信息，将基因表达与H&E染色的结果叠加在一起，不需要对组织进行消化，保持组织内部的空间结构，从而实现对组织内部不同区域细胞表达异质性的研究。

■技术流程

■技术优势

经验丰富：100多种组织类型包埋、切片、实验成功经验；

一流平台:Leica石蜡/冰冻组织切片机、PannoramicMIDl数字切片扫描仪、VisiumCytAssist、XPlus/T7双测序平台等；

数据挖掘无忧：标准分析+个性化分析，多角度解析样本表达图谱；

适用性广，兼容多种样本类型（人、大/小鼠的多种器官）。

注：详细取样指导，请联系我司技术人员。

结果展示

案例解析

案例五、肿瘤免疫微环境相关的成纤维细胞亚型及积极免疫治疗应答

英文题目：Single cell and spatial analysis of immune-hot and immune-cold tumours identifies fibro-blast subtypes associated with distinct immunological niches and positive immunotherapy response期刊：MolecularCancer IF: 27.7 发表时间：2025.01组学项目：scRNA-seq、10xVisium研究方向：癌症相关成纤维细胞 DOl: 10.1186/s12943-024-02191-9.

头颈鳞状细胞癌(HNSCC)是一种高度异质性的癌症，根据人乳头瘤病毒(HPV)感染状态可分为HPV阳性(HPV+ve,热肿瘤)和HPV阴性(HPV-Ve,冷肿瘤)亚型。尽管免疫检查点抑制剂(如抗PD-1/PD-L1)已在多种癌症中取得突破，但患者响应率仍有限，部分原因可能源于肿瘤微环境（TME)中基质细胞的调控作用。癌症相关成纤维细胞（CAF)是TME的核心组分，传统上被视为促进肿瘤进展的“帮凶”，但其免疫调节功能近年备受关注，CAF亚型在不同免疫背景（如HPV+veVs.HPV一ve肿瘤)中的分布、调控机制及其对免疫治疗的影响仍不明确。

实验设计

空间转录组结果展示

研究通过单细胞和空间转录组分析，比较头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的免疫热(HPV阳性)和免疫冷(HPV阴性）亚型，发现两种具有免疫调节基因表达特征的亚型：IL ^{11+} 炎症性CAF(iCAF)和CCL19 ^+ 成纤维细胞网状细胞样(FRC-like)CAF。IL-11+iCAF通过IL-1β和TNF-α协同激活经典NF-KB信号通路，并与炎症性单核细胞空间共定位；FRC-like在免疫热HPV+肿瘤中富集，通过淋巴毒素介导的非经典NF- \mathsf{\Pi}\kappa\mathsf{B} 信号与三级淋巴结构（TLS)中的C D4+T 细胞和B细胞关联。本研究阐明了免疫调节性CAF的异质性，并揭示了其与关键免疫生态位的联系。

参考文献

Guo CL,Wang CS,Wang ZC,LiuFF,LiuL,YangY,LiX, Guo B,Lu RY, Liao B,Liu JX,WangH,Song J, YaoY,ZhuLP, Yu D, Liu Z. Granzyme k+C D8+ T cellsinteract withfibroblaststo promote neutrophilicinflammation in nasal polyps.Nat Commun.2024 Nov 29;15(1):10413.

案例六、人类下丘脑的综合空间细胞转录图谱

英文题目：Acomprehensivespatio-cellularmapofthehuman hypothalamus期刊：Nature IF:50.5 发表时间：2025.02组学项目：snRNA-seq、10xVisium

研究方向：下丘脑单细胞空间图谱 DOl:10.1038/s41586-024-08504-8.

下丘脑在协调基本生物功能方面发挥着关键作用，包括维持体温、睡眠、口渴和能量稳态，以及调节性和亲代行为、对压力的反应和昼夜节律。”然而，尽管它很重要，我们对其结构的理解迄今为止主要来自啮齿动物研究。在这里，研究人员整合了单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组数据来创建一个全面的人类下丘脑的空间细胞图谱。

实验设计

】空间转录组结果展示

研究结合人类下丘脑单核转录组和空间转录组数据，生成了一个全面的下丘脑时空转录图谱(HYPOMAP)。尽管人类和小鼠神经元细胞类型在转录组特征上总体保守，但仍存在显著差异。在452种下丘脑细胞类型中，291个神经元簇显著富集体重指数(BMI)相关基因，这种富集由426个“效应基因”驱动。其中,6个基因(MC4R、PCSK1、POMC、CALCR、BSN和COROIA)的有害变异与人群BMI显著相关，而COROIA是首次被发现与BMI相关。HYPOMAP为人类下丘脑提供了空间背景下的细胞图谱，为识别代谢、生殖和昼夜节律等疾病的治疗靶点提供了重要参考。

参考文献

TadrossJA,Steuernagel L, Dowsett GKC, Kentistou KA, Lundh S, Porniece M, Klemm P, Rainbow K, Hvid H, Kania K, Polex-Wolf J, Knudsen LB, PykeC, Perry JRB, Lam BYH,Bruning JC, YeoGSH.Acomprehensive spati-celularmap ofthe humanhypothalamus.Nature.2025Feb5.doi:10.1038/s41586-024-08504-8.Epubahead of print.Eratumin: Nature.2025 Feb 25.

高分辨率空间转录组10xVisiumHD

10x VisiumHD是一种高分辨率的空间转录组技术，实现了单细胞水平的分辨率 (2\upmumx2\upmum 条形码方阵）和连续组织覆盖（条形码区域无间隙），能够获得组织中微米级的高质量数据。HD芯片搭载在CytAssist仪器上，通过基于探针捕获的方法，实现人类或小鼠的各种FFPE组织样本的空间分析，探索整张组织切片中以往被隐藏的生物学信息，绘制微小结构和复杂微环境的空间图谱。

■技术流程

■技术优势

高分辨率下的全组织覆盖：微米级分辨率 (2\upmumx2\upmum) ，无间隙全组织覆盖，实现转录本的精确定位,空间图像和基因表达同时分析；

高质量数据：CytAssist仪器驱动的探针捕获原理，稳定的数据质量，更高基因检出率；

经验丰富：100多种组织类型包埋、切片、实验成功经验；

一流平台:Leica冰冻组织切片机、Pannoramic MIDI病理切片扫描仪、NovaSeq XPlus和DNBSEQT7平台双交付;

数据挖掘无忧：标准分析+个性化分析，多角度解析样本表达图谱。

注：详细取样指导，请联系我司技术人员

结果展示

空间转录组下机数据

案例七：高级别脑膜瘤显著瘤内异质性的驱动机制

英文题目: Spatial genomic, biochemical and cellular mechanisms underlying meningioma heterogeneity and evolution

期刊：Nature GeneticsIF:31.7 发表时间：2024.03 研究方向：脑膜瘤异质性项目：10xVisium HD、scRNA-seq DOI: 10.1038/s41588-024-01747-1

肿瘤内异质性是癌症进化和治疗耐药的基础，但目前对驱动肿瘤内异质性的可靶向机制知之甚少。脑膜瘤是最常见的颅内原发性肿瘤，对所有药物治疗均耐药，且高级别脑膜瘤具有显著的瘤内异质性。本文中，研究人员使用空间组学等技术，来确定将肿瘤内异质性与高级别脑膜瘤的分子、时间和空间进化联系起来的基因组、生化和细胞机制。

■实验设计

空间转录组结果展示

为了确定脑膜瘤瘤内异质性和进化的机制，本研究从9名患者身上切除了10个高级别脑膜瘤（称为M1-M10)，收集了16个颅内样本进行临床、组织学和分子分析。对所有的脑膜瘤进行空间转录组和蛋白质组学分析，将高级脑膜瘤的结果与来自组织学定义的1级脑膜瘤的空间转录组进行比较，发现高级别脑膜瘤中存在不同的基因表达程序。揭示了在样本中不同区域的细胞增殖、细胞信号传导和免疫机制构成了高级别脑膜瘤的空间演变，这支持了高级别脑膜瘤的时间演变基础的基因组、生化和细胞表型。

参考文献

Lucas CG,MirchiaK,Seo K,Najem H,Chen WC,Zakimi N,FosterK,Eaton CD,Cady MA,ChoudhuryA,Liu SJ, PhillipsJJMagillST,HorbinskiMolmonDA,erry,asudevan,HembergerAB,aleihRatia genomic, biochemical and cellular mechanisms underlying meningioma heterogeneity and evolution. Nat Genet. 2024 May 17.

案例八、T细胞与成纤维细胞相互作用，促进鼻息肉中的中性粒细胞炎症

英文题目：Granzyme {\mathsf{K}}{+}{\mathsf{C D}}8{+} T cellsinteractwithfibroblaststopromoteneutrophilicinflammation in nasal polyps

期刊：Nature Communications IF: 14.7 发表时间：2024.10组学项目：scRNA-seq、scTCR-seq、Visium、VisiumHD研究方向：慢性鼻窦炎伴鼻息肉病理研究 DOI:10.1038/s41467-024-54685-1.

慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSWNP)是一种以鼻腔和鼻窦黏膜长期炎症为特征的疾病，影响患者的呼吸和生活质量。目前，CRSwNP的治疗主要依赖于糖皮质激素和抗2型炎症生物制剂，但这些治疗方法对约 40{-}60% 的患者效果不佳，尤其是那些伴有中性粒细胞炎症的患者。因此了解中性粒细胞炎症的机制对于开发新的治疗方法具有重要意义。

实验设计

空间转录组结果展示

通过单细胞分析、空间转录组学和T细胞受体测序，发现与传统的细胞毒性 G Z M B+C D8+T 细胞不同G Z M K+C D8+ T细胞高表达CXCR4、MHCII分子及干扰素-v通路基因，但缺乏细胞毒性标志物。并且 G Z M K+C D8+ T细胞通过CXCR4-CXCL12轴与成纤维细胞相互作用,诱导后者分泌CXCL1、CXCL8、IL-6等中性粒细胞趋化因子，驱动鼻息肉中性粒细胞炎症。 G Z M K+C D8+ T细胞的TCR克隆优先识别EBV抗原，提示病毒感染可能参与疾病发生。

参考文献

Guo CL, Wang CS,Wang ZC, LiuFF, LiuL, Yang Y, LiX, Guo B,Lu RY, Liao B,Liu JX, WangH, Song J, Yao Y, ZhuLP, Yu D, Liu Z. Granzyme k+C D8+ T cellsinteract with fibroblaststo promote neutrophilicinflammationin nasal polyps.Nat Commun.2024 Nov 29;15(1):10413.

高分辨率空间转录组Stereo-seg（FF/FFPE)

Stereo-seqFF解决方案

新鲜样本（FF)解决方案是同时以纳米级分辨率和厘米级全景视场实现“组织到数据”的整体解决方案。利用带有空间坐标信息的捕获探针，实现对动植物新鲜冷冻（FF）样本组织细胞内mRNA分子的原位捕获术(PolyA原理)，并进行cDNA合成。每个cDNA都与其空间条形码（CoordinateID,CID)相连，通过DNBSEQ测序和STOmics配套的时空分析工具，可对样本切片获取超高分辨率下的空间转录组信息。

I Stereo-seq (FF)

■技术优势

大视场和高分辨率：纳米级分辨率，可实现亚细胞级分子定位，捕获面积最大可达13cmx13cm ，实现了基因与影像同时分析；

经验丰富：100多种组织类型包埋、切片、实验成功经验；

一流平台:Leica冰冻组织切片机、PannoramicMIDI病理切片扫描仪、STOmics显微镜、DNBSEQT7测序仪等；

数据挖掘无忧：标准分析+个性化分析，多角度解析样本表达图谱，结合CellBin可实现单细胞空间水平分析;

适用性广：兼容绝大多数新鲜冷冻组织样本。

Stereo-seqFFPE解决方案

石蜡包埋样本(FFPE)解决方案，是在纳米级分辨率和厘米级全景视场基础上，基于全新随机探针设计，可提供高分辨率的TotalRNA空间信息（同时捕获mRNA、非编码RNA及微生物RNA信息）。该方案利用“随机探针"对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，并通过空间条形码（CoordinateID,CID)还原回空间位置，实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。

1技术流程

■技术优势

大视场和高分辨率：纳米级分辨率,可实现亚细胞级分子定位,实现了基因与影像同时分析；

编码及非编码RNA共捕获，微生物和宿主RNA信息共检测

经验丰富：100多种组织类型包埋、切片、实验成功经验；

一流平台：徕卡冰冻组织切片机，PannoramicMIDI病理切片扫描仪，STOmics显微镜,DNBSEQT7测序仪

数据挖掘无忧：标准分析+个性化分析，多角度解析样本表达图谱，结合CellBin可实现单细胞空间水平分析;

适用性广：兼容绝大多数福尔马林固定石蜡包埋（FFPE)组织样本。

注：详细取样指导，请联系我司技术人员

结果展示

空间转录组下机数据

案例九：时空组学绘制小鼠海马空间转录图谱

英文题目： Whole-brain spatial organization of hippocampal single-neuron projectomes期刊：Science IF: 44.7 发表时间：2024.03 项目：Stereo-seq研究方向：海马结构和功能研究 DOI: 10.1038/s41588-024-01747-1

海马区(HIP)是学习、记忆、认知、应激反应和情绪行为所必需的大脑结构，与大脑皮层、丘脑、丘脑下部、嗅区和杏仁核等多个脑区有着广泛的联系。然而，目前仍不清楚HIP的单个神经元如何投射到整个大脑的目标区域，及其如何进行空间联接。因此，研究HIP单个神经元的全脑投射模式具有重要的科学意义。本文采用时空组学技术Stereo-seq,绘制了小鼠海马(hippocampus,HIP)CA1区的空间转录组图谱,并解析了HIP神经元的空间联接规律。

■实验设计

空间转录组结果展示

该研究重构了小鼠HIP的10,100个单神经元全脑投射轴突形态，并归纳总结出43种全脑投射细胞类型。构建了目前世界上最大的单神经元全脑投射图谱数据集，结合时空组学技术Stereo-seq,将获得的投射细胞类型与空间转录组数据联合分析，鉴定了与不同投射细胞类型空间分布相关的基因，展示了胞体与轴突末梢的空间映射关系，发现了HIP单神经元的空间投射规律，为未来HIP的神经回路的功能分析提供了有价值的参考信息。

参考文献

Qiu S, Hu Y, Huang,et al. Whole-brain spatial organizationof hippocampal single-neuron projctomes.Scince. 2024;383(6682):eadj9198.

案例十、3D空间转录组学建模的综合框架，分子全息图的时空建模

英文题目：Spatio temporal modeling of molecularholograms期刊：Cell IF:45.6 发表时间：2024.10 项目：stereo-seq研究方向：空间转录组3D重构 DOI: 10.1016/j.cell.2024.10.011.

乳动物物种的整个胚胎规模的时空研究仍面临巨大挑战。尽管在ST的计算分析方面取得了巨大进展，开发了3D重建、空间域数字化和CCI的方法，但这些方法在胚胎规模和3DST数据集中的应用仍面临各种挑战。因此研究人员希望发了一个基于整个小鼠胚胎分子全息图的3D时空建模，利用时间分辨全小鼠胚胎细胞图谱。

实验设计

空间转录组结果展示

研究团队开创性开发了三维时空建模工具包—Spateo，使空间转录组学技术能够精细地重构器官三维结构、系统地量化时空动态过程。Spateo工具包提供多种算法选择，具备三维重建、区域数字化、细胞间相互作用推断、“形态计量向量场”以及用于交互式操作的可视化界面等独特优势。为验证其性能，研究团队以小鼠胚胎和果蝇发育的研究为例，探索了三维空间中随时间变化的器官生态形成机制，并构建了小鼠胚胎发育的“3D分子全息图”，证实了Spateo将显著提高我们对发育过程中器官形成的理解。

参考文献

Qiu X, Zhu DY,LuY, Yao J, JingZ,Min KH, Cheng M, Pan H,ZuoL, King S,Fang Q,Zheng H, Wang M, Wang S, Zhang Q,YuS,Liao S, LiuC,WuX,LaiY, HaoS,ZhangZ,WuL, Zhang , LiM,uZ,Lin J, YangZ,Li, Gu Y, Eison D, ChenA, LiuL,WeissmanJSMaJ,XuX,LiuSaipatiotemporalmodeling ofmolecularholgrams.Cel.2024ec26;8 (26):7351-7373.e61.

空间原位转录组10xXenium

10xXenium空间原位分析技术不需要NGS测序，而是直接通过多轮荧光成像的方式，可以在新鲜冷冻(FF)组织或福尔马林固定石蜡包埋(FFPE）组织样本中，以单细胞/亚细胞分辨率，对RNA靶点进行高灵敏度、高特异性检测，实现在亚细胞分辨率水平检测靶基因在组织原位中的表达。除了商业化的定制Panel，针对不同组织类型和研究方向，可灵活定制需要检测的靶向基因（Panel)。

■技术流程

■技术优势

高分辨率原位图谱：纳米级分辨率（200nm光学分辨率）实现转录本精确定位，多模态细胞分割解决方案，提供近似单细胞水平基因表达数据；
灵活探针设计：多种预制探针Panel可选，可添加定制多达100个靶基因，也可全独立定制探针；
一流仪器平台:Xenium分析仪、Leica冰冻组织切片机、Pannoramic MIDI病理切片扫描仪等；
丰富实验经验：100多种组织类型包埋、切片经成功经验；
样本兼容性广：适用于新鲜冷冻(FF)组织或福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本数据挖掘无忧：标准分析 ^+ 个性化分析，绘制高清空间原位基因表达图谱；

案例十一、组织驻留记忆CD8T细胞多样性具有时空印记

英文题目：Tissue-resident memory CD8T cell diversity is spatiotemporally imprinted

期刊：Nature IF:50.5 发表时间：2025.01项目： 10\mathsf{x} Visium HD、10x Xenium、snRNA-seq研究方向：小肠TRM细胞起源 DOI: 10.1038/s41586-024-08466-x.

组织驻留记忆CD8T细胞(TRM细胞)在非淋巴组织中提供局部、长期的保护，通过持续的组织监视来抵御感染。TRM细胞在小肠中表现出功能异质性，主要分为两个不同的亚群：一个表达效应分子较高的亚群和一个具有更大记忆潜力的亚群。然而，这种多样性的起源尚不清楚

■实验设计

空间转录组结果展示

研究人员首先利用10xXenium技术，发现小鼠的小肠组织CD8T细胞存在两个空间分离的群体：一个位于绒毛上部,表达分化型TRM细胞标志物(如tgae、Gzma、Gzmb);另一个位于隐窝下部,表达祖细胞样TRM细胞标志物(如Tcf7、Slamf6)。通过10xVisium研究发现,TGFβ、CXCL9和CXCL10等细胞因子在小肠中形成梯度，这些梯度与TRM细胞的定位和功能状态密切相关。用CRISPR-Cas9技术对P14CD8T细胞进行CXCR3基因敲除，同时通过Xenium平台进行空间转录组学分析，研究CXCR3在CD8T细胞定位和分化中的作用。最后通过10xXenium对人健康供体的末端回肠进行空间转录组学分析，研究者发现了与小鼠模型相似的TRM细胞亚群分布。

参考文献

Reina-Camos M,Monell A,FerryA,Luna, CheungK GallettiG, charping NE,Taehara KK,Quon S, Challita PP, Boland B, Lin YH, Wong WH Indralingam CS, Neadeau H, Alarcon S, Yeo GW, Chang JT, Heeg M, Goldrath AW. Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted. Nature. 2025 Jan 22.

案例十二、空间转录组揭示肺纤维化肺泡重塑的细胞机制

英文题目：Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis

期刊：Nature Genetic IF: 31.8 发表时间：2025.03 研究方向：肺纤维化项目：10xVisium HD、10xXenium、scRNA-seq DOI:10.1038/s41588-025-02080-x.

人肺结构复杂，在解剖学上不同的位置有多种特殊的上皮细胞、间质细胞和免疫细胞，具有特定的功能作用。肺纤维化(Pulmonary fibrosis，PF)的发生与多种因素相关,其典型特征是远端肺结构和细胞组成的大规模改变，但影响疾病发生的空间背景仍不明确，，这也导致目前临床上仍缺乏对肺纤维化的特异性治疗方法。

■实验设计

空间转录组结果展示

本研究利用空间转录组技术分析了来自35个独特肺部160万个细胞的基因表达。鉴定了PF相关细胞类型的空间定位，建立了经典PF组织病理学特征的细胞与分子基础，并鉴定了健康和PF肺中多种分子定义的独特空间微环境。通过机器学习和轨迹分析发现了与进行性远端肺病理相关的组成和分子变化，这些变化始于肺泡上皮失调，最终表现为巨噬细胞极化改变。这些结果为PF提供了空间分辨率的独特视角，并建立了可应用于其他空间转录组学研究的方法。

参考文献

Vannan,LyuR,WilliamsALrettiM,MeeD,Hirh,Hirh,adadN,NicholsD,CalviL,TaJ PolosunaiCalAkharachtMhvMal SucreJMropskiJ,MCarthanvichatialtranriptmicsdntifiemoleculanichedreuat associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis.Nat Genet. 2025 Mar;57(3):647-658.

单细胞ATAC

单细胞ATAC，是指通过对某种特定状态下开放的核染色质的基因序列，揭示单个细胞中基因转录活跃的区域；提供不同的调控元件信息，比如转录因子、启动子、增强子等，探索调控元件协调基因表达的模式。

■技术流程

■技术优势

实验无忧： 300+ 种组织类型、超万例样本的项目经验；

服务无忧：专项群和专属团队支持，制定专属研究方案；

一流平台：10xChromium+XPlus/T7,DNBelabC+T7等多平台服务，支持市面新锐和成熟单细胞分辨率染色质可及性研究；

±b{O} 深度挖掘：联合单细胞转录组数据，绘制单细胞辨率转录因子调控网络。

单细胞mRNA+ATAC

10x单细胞MultiomemRNA+ATAC，可以做到对数千个细胞同时分析基因表达和来自同一细胞的染色质可及性。通过同时得到两种数据，提高细胞状态的分辨率，识别差异基因表达的驱动因子，并发现具有相似转录谱但染色质开放性不同的细胞。

■技术流程

■技术优势

多维度检测：同时获得同一细胞的基因表达和染色质可及性，最大限度了解样品特征；

服务无忧：专项群和专属团队支持，制定专属研究方案；

深度挖掘：联合单细胞转录组数据，绘制单细胞辨率转录因子调控网络；

一流平台：支持NovaSeqXPlus和DNBSEQT7平台双交付。

■送样要求

结果展示

合作伙伴案例解析

1案例十三：单核多组分析揭示人主动脉根部瘤表型调节的基因调控动力学

英文题目： Single-Nucleus Multiomic Analyses Identifies Gene Regulatory Dynamics of PhenotypicModulation in Human Aneurysmal Aortic Root

期刊：Advanced Science IF:14.3 发表时间：2024.03 研究方向：疾病发生发展项目：snATAC-seq&snRNA-seq&10xVisium DOl:10.1002/advs.202400444

主动脉根部瘤是一种可能危及生命的疾病，可能导致主动脉破裂，通常与遗传综合征有关，如马凡综合征(MFS)。尽管MFS动物模型的研究为主动脉根部瘤的发病机制提供了有价值的见解，但对人类主动脉根组织转录组学和表观遗传学的理解仍然不透彻，这种限制阻碍了有效靶向疗法的发展。

实验设计

研究结果展示

本研究首次对健康和MFS条件下人主动脉根组织的单核多组学和空间转录组测序数据进行了综合分析。鉴定了人主动脉根部的细胞类型特异性转录组模式和顺式调节图谱。描述了血管平滑肌细胞(VSMC)表型调节过程中的转录调控和空间动态，血管平滑肌细胞（VSMC）是主动脉壁的主要细胞类型。FOXN3被确定为维持人主动脉VSMC收缩表型的新型关键调节因子，可作为潜在的治疗靶点。这些发现为人类动脉瘤主动脉根部表型调节过程中的转录调控和空间动态提供了新的见解。

参考文献

Liu X, Zeng Q, Yang H, et al. Single-Nucleus Multiomic Analyses Identifies Gene Regulatory Dynamics of Phenotypic Modulation in Human Aneurysmal Aortic Root. Adv Sci (Weinh). Published online March 29, 2024.

■案例十四：单细胞组学助力揭示急性肾损伤后肾脏再生修复或纤维化的诱因

英文题目： SOx9 switch links regeneration to fibrosis at the single-cell level in mammalian kidneys期刊：Science 15=44.7 发表时间：2024.02 技术手段：scRNA-seq&snATAC-seq&bulk RNA-seq研究方向：组织再生 DOl:10.1126/science.add6371

各种原因引起的急性肾损伤(acutekidneyinjury,AKI)可能是暂时的，随后组织会进行自我修复;也可能导致长期损伤或纤维化，并最终发展为慢性肾病。目前对于这一过程结果的决定因素尚不清楚，但之前的一些研究表明，一种名为SOX9的转录因子可能是主要诱因。

■实验设计

研究结果展示

该研究利用AKI小鼠模型，通过单细胞组学等技术，发现了SOX9的开关，表明了再生的细胞会短暂激活SOX9，但随后其中一部分细胞会使其失活，而另一部分则不会。这种再生后的SOX9失活或不失活，以及由此通过WNT信号通路产生的纤维增生反应，是区分健康修复细胞与发生纤维化和长期损伤细胞的关键。

参考文献

Aggarwal S, Wang Z,Rincon Fernandez Pacheco D, et al. SOX9 switch links regeneration to fibrosis at the single-cell level in mammalian kidneys.Science.2024;383(6685):eadd6371.

单细胞全转录组

单细胞全转录组，是利用随机引物获得RNA序列，不再依赖于mRNA3'端poly(A)的捕获，可以实现全序列转录组测序，并能应用于基因突变、基因融合、拷贝数变异、非编码RNA、可变剪接等研究。

■技术流程

■技术优势

超高通量,每个样本检测的细胞数可达3000-10000;

全长转录组测序，可实现基因结构研究；

全样本全物种均可做：FFPE样本、福尔马林固定样本、冻存/新鲜组织样本，以及真核原核均可做；

高灵敏度，大幅度提高了单细胞测序的基因检测数。

送样要求

案例解析

■案例十五：基于随机引物的高通量单细胞核测序技术snRandom-seq

英文题目：High-throughput total RNA sequencing in single cells using VASA-seq期刊：NatureCommunicationsIF：14.7发表时间：2023.5项目：单细胞全长转录组研究方向：技术探索与分子机制 DOI:10.1038/s41467-023-38409-5

目前主流的高通量单细胞(核)转录组平台主要依赖oligo(dT)捕获RNA分子poly(A)尾，不能捕获降解的RNA，因此局限于检测成熟mRNA、新鲜或新鲜冷冻的样本。研究人员一直尝试开发各种不同的方法来克服这些挑战。

实验设计

研究结果展示

与传统单细胞技术相比，snRandom-seq具有更低的双胞率，以及更高的基因检出数，且数据5'-3覆盖度均一,在单细胞水平、单基因水平的覆盖度高于其他两种FFPE snRNA-seq方法。本文中,利用snRandom-seq方法，作者探究了小鼠以及人类临床肿瘤FFPE样本的细胞异质性，并可进行精细分群以及生物功能预测。由于snRandom-seq可捕获全转录本的全长信息，更适合进行RNA速率分析、非编码RNA分析等。

参考文献

Xu Z, Zhang T, Chen H,et al. High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq. Nat Commun. 2023;14(1):2734.

微生物单细胞转录组

微生物单细胞转录组(MscRNA-seq)，利用随机引物原理，获得细菌RNA序列，可以从单个细胞的水平对单菌、微生物组进行基因表达信息的检测，解决传统研究中单个细菌之间的差异有可能被群体的平均值所掩盖的问题。

■技术流程

■技术优势

超高通量，每个样本检测的细菌数可达2000-5000；

应用新，揭示传统组学所掩盖的细菌异质性；

转化高,新一代单细胞组学技术，成果更易发高分文章；

更前沿，提供CNS级分析内容，深度挖掘数据；

更可靠，提供从样本处理到数据分析的全流程服务。

送样要求

案例解析

■案例十六：基于液滴微流控的高通量单微生物RNA测序方法－smRandom-seq

英文题目： Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq期刊：NatureCommunicationsIF：14.7发表时间：2023.01项目：微生物单细胞转录组测序研究方向：技术探索与细菌耐 DOI: 10.1038/s41467-023-40137-9

目前主流高通量单细胞转录组平台依赖oligo(dT)捕获RNA分子poly(A)尾，但原核生物由于缺乏poly(A)尾而无法适用该方法。另外，细菌中的mRNA含量远低于真核细胞，难以去除的细菌细胞壁也成为单个细菌水平转录组技术的发展阻碍。研究人员一直尝试开发各种不同的方法来克服这些挑战。

实验设计

研究结果展示

smRandom-seq具有低双胞率、高mRNA占比等优秀性能特性。对抗生素胁迫下的大肠杆菌进行smRan-dom-seq检测后，UMAP图中可以明显区分不同时间点的亚群。基因表达异质性分析得到每个亚群的差异表达基因，进一步分析发现SOS、ROS与能量代谢相关基因的表达变化，揭示了抗生素胁迫下不同表达模式的大肠杆菌亚群，包括耐药菌亚群。

参考文献

Xu Z, Wang Y, Sheng K,et al. Droplet-based high-throughput single microbe RNA sequencing by smRandom-seq. Nat Commun.2023;14(1):5130.

案例十七：高通量微生物单细菌转录组测序揭示了人肠道菌群异质性

英文题目：High-throughput single-microbe RNA sequencing reveals adaptive state heterogeneity and host-phage activity associations in human gut microbiome

期刊：Protein&CelIF：13.6发表时间：2024.05项目：微生物单细胞转录组测序（菌群）研究方向：肠菌异质性 DOl: 10.1093/procel/pwae027

近年来，单细胞转录组测序技术的飞速进展揭示了真核生物细胞类型和状态的巨大转录异质性，对生物学研究带来深远影响。目前虽然已有若干将单细胞转录组测序应用到细菌样本上的技术，但均不适用于复杂的微生物组样本。

■实验设计

研究结果展示

研究通过高通量肠道菌群单细菌转录组技术，揭示了人类肠道菌群的异质性，配合针对性开发的分析方法，实现了复杂微生物群落中的微生物注释和细菌-噬菌体转录活性分析。作为首个正式发表的高通量微生物组单细菌转录组技术，该研究为人类微生物组研究开辟了全新的视角，有望进一步拓展我们对微生物如何影响人体健康的认知。

参考文献

Shen Y,Qian Q,Ding L,t,al. High-throughput single-microbe RNA sequencing reveals adaptive state heterogeneity and host-phage activity associations in human gut microbiome. Protein & Cell. 2024 May 23:pwae027.

单细胞空间组学测序总览

单细胞空间组学，不仅能够在单细胞水平上对RNA进行高通量测序和分析，还可以解析组织空间结构的异质性，实现多维度分析。在医学领域中被广泛应用于细胞异质性、肿瘤发病机制、免疫微环境、分化发育、免疫治疗等研究中。

单细胞空间多组学在医学中的应用

研究示例 : 单细胞测序技术很大程度上解决细胞异质性的问题，可以借助单细胞技术，明确肿瘤发病机制和研究模式；解析肿瘤耐药复发机制。同时单细胞及空间转录组可以在临床与转化医学中帮助人类在发现新的稀有的细胞类型；追踪体内动态变化的细胞类型；动态追踪体内细胞表型变化。

组学优势 : 细胞通量高、建库成本低、捕获周期短。该技术主要用于细胞分型和标记因子的鉴定，从而实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测，此外该技术还可以预测细胞分化与研究发育轨迹，在当下疾病、免疫、肿瘤领域以及组织、器官、发育研究中发挥越来越重要的作用。

合作成果展示

PARTART蛋白与代谢组学研究

中药代谢组学

蛋白质定量研究

脂质组学

蛋白质定性研究

修饰蛋白质组学

挥发性代谢组学

非靶向代谢组学

靶向代谢组学

肠菌代谢组学

空间代谢组学

蛋白质定性研究-蛋白质全谱分析

蛋白全谱分析是基于“Bottom-Up”即自下而上的蛋白质质组学检测策略，先将提取出的蛋白质利用特异性的蛋白酶消化获得肽段混合物，依次通过色谱分离，离子化以得到不同质荷比的带电离子，通过质量分析器将不同质荷比的肽段离子分离开来进一步采集离子的质谱图，将实际质谱图与理论质谱图进行比对，从而对蛋白质进行鉴定。

■技术流程

适用范围

某一生理状态下组织、细胞或者细胞器中所有表达蛋白质的鉴定

未知物种的蛋白表达谱鉴定

某一方法提纯的混合蛋白鉴定

■技术优势

全面性：蛋白全谱定性能够同时检测到成千上万种蛋白质，提供关于细胞或组织整体蛋白组的完整信息

动态范围广：能够识别从丰度较高的结构蛋白到低丰度的功能蛋白，涵盖了广泛的生物学过程，适用于多种研究领域

实验效率高：相比传统的单一蛋白质分析方法，可以在较短的时间内获得大量的数据，显著提高实验效率并降低成本

高灵敏度：使用先进的质谱平台检测，结果更加灵敏和准确，重现性高

蛋白质定量研究-高通量蛋白组

高通量蛋白质组是基于新一代高通量质谱仪开发的DIA蛋白质组学产品。新一代高通量质谱仪如Astral、timsTOFHT、timsTOFUltra2等仪器在检测通量、蛋白组覆盖深度、灵敏度及精准定量等多个维度具有卓越性能，与DIA定量技术的完美结合，检测更稳定，大大推动蛋白质组学在肿瘤、疾病、生长发育等领域的应用。

■技术流程

1.Spectronaut建立谱图库或基于公共库；
2.添加目标蛋白-肽段-母离子-子离子(targetlist);；
3.色谱峰抽提；
4.定性定量分析；
5.差异表达分析。

■技术优势

更高通量：最快180样本/天

更深覆盖：hela细胞最高检出 12000+ 个蛋白

精准定量：88%的蛋白定量CV低于 20%

高稳定性：稳定性重现性优异，标志物筛选更精准；

分析便利：高通量蛋白质组医学云平台实现专属交互式云分析，可DIY参数，一键化运行，轻松获取顶刊级分析结果。

■云分析示例

蛋白质定量研究-微量高通量蛋白组

微量蛋白组学是通过高灵敏度质谱技术，结合液相色谱分离和生物信息学分析，对痕量样本（如微量细胞、单细胞、微量体液或组织）中的蛋白质进行全谱鉴定与定量的研究方法。其核心优势在于能够检测微量样本中的低丰度蛋白，解析蛋白质表达、功能及相互作用。该技术为揭示疾病机理、推动转化医学及农业科学创新提供了关键工具。

技术流程

微量高通量蛋白组技术流程

■技术优势

新一代高通量质谱仪器为实验保驾护航；

自研实验体系，标准化SOP，所用实验耗材均为低吸附；

蛋白得率高：1张石蜡切片（12mm2，5um/张），经提取，可得近 20\upmu\up g 蛋白；
肽段得率高:1μg蛋白，回收近400ng肽段；

灵敏度高，重复性好，适用于低微克甚至纳克的蛋白质样品；

云平台交付：交互式的分析流程，可DIY参数，一键化运行，轻松获取顶刊级分析结果。

云分析示例

蛋白质定量研究-Labelfree

非标记定量技术（Labelfree）是近年来重要的质谱定量方法，用来比较的样品无需昂贵的稳定同位素标签做标记，提取的蛋白直接酶解后经过质谱分析产生数据。通过软件对大规模的谱图进行归一化后，比较对应的质谱峰的强度，峰面积等一系列因素，来确定蛋白质在几组样本中的相对表达量变化。

■技术流程

■技术优势

无需使用昂贵的同位素标记试剂，实验耗费低

对样本的操作少，减少损失，较接近原始状态；不受样本条件的限制

对实验操作稳定性、重复性要求高，建议做技术重复及每组至少三个生物学重复

云分析示例

GO分析柱状图

差异火山图

KEGG分类统计柱状图

展示在不同GO分类中蛋白分布情况。每一个柱子表示一个GO对应级别的分类，柱条越高表示此级分类的蛋白越多。

展示蛋白在不同KEGG通路中的注释情况。KEGG代谢通路可分为7大类：代谢，遗传信息处理，环境信息处理，细胞过程，生物体系统，人类疾病，药物开发。

火山图展示了不同组间蛋白的差异性及显著性。每个点代表一个特定的蛋白，在左边的点为表达差异下调的蛋白，右边的点为表达差异上调的蛋白。

蛋白质定量研究-4D-labelfree

我们熟知的蛋白质组学对于蛋白鉴定是通过保留时间（retentiontime)、质荷比(m/z)、离子强度(intensity)这三个维度进行的，4D蛋白质组在此基础之上增加了第四维肽段的碰撞截面积(CCS)--离子淌度(mobility)的分离,重新定义了蛋白质组学的分析标准。美吉生物4D-labelfree蛋白质组学基于timsTOFHT仪器平台以及PASEF技术，大幅度的提高质谱扫描速度和检测灵敏度，实现蛋白质组学在鉴定深度、检测周期、定性准确性、稳定性等性能的革命性提升。

■技术流程

■技术优势

与传统的labelfree技术相比,4D-labelfree数据采集具有以下优点：

云分析示例

GO富集分析有向无环图

展示GO的三个分支：生物过程、细胞组分、分子功能中的某一个分支；标颜色的方框为在蛋白集中存在显著性的GOterm；颜色越接近红色，显著性越明显。

蛋白富集弦图

KEGG富集分析气泡图

气泡的大小为KEGGpathway富集到的蛋白集中蛋白的数目。一般在图片右上角的通路富集显著性及富集率较高。

GO富集弦图表示目标蛋白集与GOTerm的注释和富集的对应关系，展示差异蛋白的差异倍数变化情况和富集显著性。

蛋白质定量研究-TMT

标记定量技术是系统误差小,通量较高的蛋白质组分析方法之一。TMTTM（TandemMassTagTM）是由美国ThermoScientific公司研发的一种体外标记技术，该技术利用同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团，可同时比较多达18个样品之间的蛋白表达量。

■技术流程

■技术优势

高通量：可同时对2-18例样本进行分析

高重复性：样本混合上机，消除了系统误差

体外标记技术，适用于大部分生物样本的蛋白质差异分析：体液、动物组织、植物组织、细胞等

分离能力强，分析范围广，可对任何类型的蛋白质进行分离鉴定，包括酸性和碱性蛋白等

■云分析示例

样本相关性热图

蛋白互作网络图

蛋白功能注释分析

展示样本间蛋白组成的变异程度。通过样本间的相关性数据进行量化分析，相关性越接近于1表明样本间的蛋白组成相似度越高。

将本次鉴定到的全部蛋白以及蛋白序列与五大数据库（Uniprot、GO、KEGG、COG、Pfam）以及亚细胞定位等数据库进行比对，获得蛋白在各数据库的注释信息。

采用网络建模的方法，构建出蛋白质相互作用网络，从网络层面出发，对网络进行拓扑属性分析，可以从复杂的生物数据中，挖掘出重要蛋白间相互作用关系。